1. Окно все-таки симметрично. Это раз. И совсем не стоит вводить понятия циркулярной симметричности, чтобы объяснить наличие мнимой части. Не симметричны здесь ф-ции базиса разложения, которые применяются в матлабе. Например, косинус на частоте Fs/4 в этом разложении есть последовательность
1,0,-1,0
Никакой симметрией здесь и не пахнет. Соответственно, когда Вы раскладываете симметричную ф-цию окна в несимметричном базисе, Вы и получаете ахинею.
2. По поводу фазы, там вообще тривиально все. Просто спектр ф-ции можно представить в виде
f(jw) = a(jw)exp(jw)
и a(jw) может быть и отрицательной ф-цией. Так для прямоугольного окна это sin(x)/x . Т.н. "скачок" фазы никаким скачком не является, а лишь сменой знака ф-ции a(jw).