Слив старой прошивки ничего не решает - он не поможет залить новую прошивку - если структура данных в новой версии изменилась.
Именно в этом вопрос.
Как заливать при изменении структуры индивидуальных данных ?

С новой/старой прошивкой пока не вижу проблемм - пусть скачает с странички в инет старую версию и запишет.

Но с индивидуальными данными прибора и пользователя надо работать отдельно. Пока не могу придумать как.

Хотел дать пользователю открытый доступ к ЕЕПРОМ. Чтобы он программой с ПК сам их считывал и сохранял по необходимости.

Но тоже не совсем правильно. Если в прошивки данные ЕЕПРОМ зашифрованы (вместе со всем остальным), а тут (в пользовательской программе сохранения констант) - открыты - это помощь в подборе ключа шифрования.