если меняется структура данных, то она должна естественно переписываться, иначе бред будет полный. Но данные из старой прошивки должны сохраняться и переноситься/конвертироваться в новую структуру программой, которая стоит на компе и содержит новую прошивку. А в устройстве должны быть поля, которые никогда не должны менять структуру и данные в них должны однозначно идентифицировать устройство. Например серийный номер, версия прошивки и версия железа.
У них формат данных должен быть железно неизменяемый.
Тогда процесс смены софта выглядит примерно так:
- запускается программа обновления прошивки;
- глядит на данные о версии прошивки;
- сохраняет индивидуальные данные и саму прошивку;
- если структура данных отличается, то программа обновления конвертирует данные в форматы и структуры новой прошивки;
- пишет новую прошивку со старыми индивидуальными данными, но с новыми структурами;
- меняет в устройстве номер прошивки;
- всё :)