ну а кто будет передавать новую прошивку? ПК, МК - абсолютно не имеет значения. Ну и отдвавйте тупо массив. Бутлоадер его раскрутит нужные данные так же подменит.
А вообще самый правильный вариант - граммотно спроектированная аппаратная часть и неубиваемый бутлоадер. На таком контроллере можно много чего накрутить. Однако следует прикинуть, стоит ли криптозащита тех усилий? если девайс простой, то проще железо спереть, софт самому написать.
Я уже всё сказал. Ну а если боитесь, что девайс и программу сопрут, запатентуйте её :)