Пусть мы заказали таймеру0 режим СТС, т.е. обнуление по достижению значения OCR0A, куда записали величину 100. В регистр OCR0B положили 200 и разрешили прерывание по Timer0 Compare B. В этом случае мы не дождёмся прерывания, т.к. таймер будет считать только до 100 и затем обнуляться, хотя прерывание по Compare A мы не разрешали. Чем отлаживаете? Если нет железного отладчика, то погоняйте хотя бы симулятор в Астудии.