Текст заголовка сообщения полностью: Основной вариант наоборот: ocr0a=236; ocr0b=0; tcnt0=0; ocie0a=1; ocie0b=0; пределитель=1024; внутренний rc-генератор=8 МГц; ckdiv8 выключен.

Т.е. ocr0a больше, чем ocr0b.
В обнулении tcnt0 участвует только ocr0a.
Разрешено ocie0a, запрещено ocie0b.

Таймеры настраиваются совершенно идентично, по даташиту, с учетом в каком регистре какой конфигурационный бит.
Только таймер1 работает, а таймер0 и таймер2 - нет.

jtag'ов никаких нет, как и прочих отладчиков.
Не считая светодиода ;-)
Как можно отладить прерывание в симуляторе почти не представляю.
Просто процедуру в Студии - запросто.