По русски.
Вы создать файл описания цепочки(Chain Description File).
Ограничений по режиму загрузки и используемого программатора для каждого чипа нет.
То есть может один чип загружатся через байтбластер в пассивном режиме, другой через JTAG.

You can edit multiple JTAG or Passive Serial chains at the same time in open Programmer windows, but you can program only one chain at a time

Настраивать цепочку можно в окне программатора без ограничений но выбрать для программирования только одно звено.

You can add a MAX II, MAX 3000, or MAX 7000 device to blank-check, examine, or bypass it, or to turn on the security bit for it

Для невыбраных звеньев можно использовать
проверку чистоты, сравнение с файлом, пропуск, включение бита защиты.

When you add a MAX II, MAX 3000, or MAX 7000 device to the chain, you can turn on the programming options, Blank-Check, Examine, or Security Bit.

Для выбраного звена те же опции. Только вместо "пропуска" поставить галочку "программирование"