В предложенном мною варианте никаких мер по специальному подавлению дребезга не надо. Затраты процессорного времени ниже, ибо нет задержек по 300 микросекунд, которых может быть недостаточно для механического энкодера.
Чтобы не пропускать импульсы, при любом методе обработки частота выборок должна быть выше, чем частота импульсов, никуда от этого не деться.