Если с керамическим резонатором - тогда да, короткие блоки в блинном уже не коггерентны, и их обрабатывать, конечно, нужно некоггерентно.

Чтобы вдруг считать коггерентно - можно сначала вычислисть FFT а потом просуммировать выходные отсчеты, а можно сначала просуммировать короткие блоки, а потом вычислить FFT. FFT при этом будет той же длины. Конечно, при этом изменится алгоритм синхронизации длинных блоков. Не станет ли он слишком сложным - это отдельный вопрос.

При наличии более точного генератора можно обрабатывать короткие блоки коггерентно, это не означает коггерентную демодуляцию несущих. Достаточно коггерентности коротких блоков в длинном. И это будет в точности означать, что я писал ранее: из большого набора частот для длинного блока выделяется небольшая решетка кратных некоторой частоте и использоваться только эти частоты. Правда, Ваша схема обладает способностью давить короткие мощные импульсные помехи. Существенно ли это для Вашего канала - это только Вы можете знать.