на мой взгляд, при условии что с напряжениями питания после конфигурации ничего не случается... ошибка в файле загрузки.
Два года назад в Quartus пытался получить файл для конфигурации EP1C6Q240C8, который загружался в конфигуратор на параллельном программаторе естесственно вне системы. Тогда так ничего и не вышло :( И с тех пор конфигуратор шьем через JTAG с предварительной конвертацией *.sof
Это общая мысль. Если на CycloneI и II у Вас все получалось, может забыли где галку какую поставить...
Отпишитесь, когда все получится :) в чем было дело.