Сигнал сброса внешний, от клока внутри ПЛИС не зависит, тем более что после отключения его от PLL схема ведет себя адекватно реагируя на этот сигнал. Сам был сильно удивлен таким поведением PLL, а сигнал сброса в принципе заводил для моделированеия, там работает все как положено.