В этом же окне, в дереве операций есть прямо пункт "Конфигурация" (для Атмела) или "Идентификатор и конфигурация" (для Микрочипа) - это чтобы отдельно зашивать. А править ниже, в том самом окне... (-)окне
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)