Насколько я понимаю из этого поста и про уарт, вы новичок в этом деле. Итак, есть некие исходники на компе которые нужно запхать в мегу? Ну в упор непонятно зачем переводить их в асм. Есть такая штука как компиляторы С для контроллеров. Для меги тоже есть. Например IAR AVR. Вот им объесктный код и создавай.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)