Тогда после прерывания от холд регистра действительно запускаешь счетчик. (А насчет сдвигового я погорячился, просто когда делал в ФПГА выводил сигнал от сдвигового вот и запомнилось :) )
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)