А в чем проблема? Нужно просто заранее зарезервировать для прошивки FPGA место и программой-сборщиком компоновать программный код Меги и код для FPGA. Если выходной формат текстовый, то можно просто в текстовом редактора их объединить.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)