AVR Stutio не использовать. Для отладки логики IARовский симулятор, а внешние устройства отлаживать при помощи осциллографа. В контрольные точки программы вставлять дерганье ногой и смотреть.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)