Кажется понял в чем дело. Это гадит не компилятор, а встроенный редактор, при сохрании файла делает ему иногда обрезание. Я придумал прием против этого глюка: пишу текст в большом Си, а в CV AVR только компилирую. Грабли кругом!
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)