Сигнал на затворы нужно подавать не в противофазе, а со сдвигом по фазе. И между ними обязательно "временной зазор", т.е. "Dead Time", чтоб один ключ не открылся пока у второго ток течет. Управлять мощными ключами от микроконтроллера не получиться, т.к. требуется большой импульс тока на затвор, чтоб зарядить емкость в ключе. Короче тема эта довольно большая, сам в период познания пожег горсть транзисторов. Читайте больше литературы. Для начала хотя-бы "Силовая электроника" от Семенова.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)