Обычно выводом CS АЦП управляет микроконтроллер, а сам вывод подтянут к питанию резистором 1...10кОм. При программировании AT90, выводы AT90 переходят в 3-е состояние, и соответственно АЦП отключается от шины SPI. Я так делал и все работало.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)