У тебя нет в программе записи в флеш? У меня набдюдался интересный эффект иногда при сбросе переход был не адрес 0000 а на бут. А там лежала подпрограмма стирания страниц. Ну она и стирала. Вылечилось копией векторов прерываний в буте
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)