Выдать сигнал через PWM - это самое простое, но это после того, как измерен сдвиг фаз (при равенстве периодов). Т.е. для начала надо померить периоды и сдвиг фаз, а вот, скажем, в AT90PWM81/161 всего один таймер.

Для сравнения, в AT90SAM7A3 таймеров дохренищи (3 группы по 3 таймера в каждой) - там мне понятно, как эту задачу решить. Или хотя бы ST32F103 - тут тоже понятно. А вот с AT90PWMxxх - непонятно.