Ответ: так здесь описан протокол обмена только между avr-studio and jtag-ice, а между jtag-ice and cpu где описан? Только в datasheete , но команды преднасначенные для отладки ( всякие остановы там делать...) они не описали.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)