Естественно соединять их разряженными. Соединять в паралель разряженный акуумулятор с заряженным - кому такое в голову придет?
С последовательным соединением - тут хужее. Во первых - банка с меньшей емкостью может перезарядиться в обратную полярность, что быстро выведет ее из строя. Во вторых, возможна перезарядка банки - она при этом может взорваться.