Работая на классическом С, оформлял в одном файле. Когда перешёл на С++, то инициализацию периферии перенёс в конструктор класса драйвера этого периферийного устройства. Таким образом, нужная периферия инициализируется. Но это всё зависит от договорённости людей, работающих над программой. Делай как удобно, на работоспособность это не повлияет. :)