Инициализацию портов проводишь раньше всего в программе. Критические порты можешь по схеме и завязать. Свободное место МК заполняешь переходами на инициализацию. Много еще чего можно напридумывать :)
Тока это надо очень гадючные условия иметь типа Чернобыля, а в обычных условиях (автомобили, самолеты, военка не рассчитанная на ядреный удар) все нормально работает, если спроектировано нормально.