(Со слов хлопца что возится с ней командировке):
- шьёт её посредством AVRISP mkII из CodeVision-а;
- раз прошилась;
- второй раз отказалась шиться, т.к. программатор считал три байта сигнатуры кристалла равные нулю;
- тем не менее чтение флеши ( =0 ) выполняется (программатору то указано что к нему подключена 128-ая);

Мои предположения:
- хбз что там оно читает из флеши (хлопец озадачен и выясняет этот вопрос). Отсюда два вывода: либо банальные проблемы в физическом соединении, в частности MISO (рекомендации "подтянуть к питанию" и проверить все линии связи он реализует) в случае чтения каждый раз отличных друг от друга прошивок, либо проблемы кристалла - результат чтения постоянен и отличен от оригинала (или имеются "битые" страницы и появление новых);
- полагая что Атмел сам шьёт сигнатуру посредством программатора на заводе через скрытые команды/области_памяти и проч. можно предположить что при первой прошивки (это всё проистекало в пром.условиях) умудрились "попасть" в сходный режим - кристаллу каюк.

В пользу последнего варианта говорит случай программирования через один разъём двух мег, 128-ой и 16-ой, когда неактивную (не прошиваемую) принудительно загоняли в Hi-Z путём удержания в '0' её reset-а. Потом эта "неактивная" к жизни не возвращалась...

Спасибо!