Думаю, что разницы в плане шумов особой быть не должно, если грамотно развести земли и питание. Только если нужна хорошая темп. стабильность, то или питать АЦП от стабильного ИОН (тут тоже могут быть траблы, т.к. это все-таки не стабилизатор, и выход у ИОНа может иметь довольно большое выходное сопротивление), либо подать на один из входов сигнал с ИОНа и время от времени делать калибровку. Я для себя присмотрел недорогой стаб LP2980, маленький и темп. стабильность неплохая, мне подходит.