Computer systems perform initial code loading (booting) by reading from a predefined address on a disk drive. The Address Offset feature allows a second operating system to be booted from the reserved area on a drive by changing the location of LBA 0 instead of modifying the BIOS to begin the boot process from an alternate starting address.

HPA позволяет BIOS'у спрятать свои данные в конце диска. Начало диска, в том числе и MBR остается неизменным.

Address Offset позволяет иметь на диске 2 (или более) операционные системы, причем вторая никаким способом не может испортить первую.
Первая ОС грузится с MBR, лежащей по адресу LBA 0, вторая - с LBA R (см рисунок).

Первая ОС грузится стандартным образом из своего MBR. Когда надо загрузить вторую ОС, первая устанавливает Address Offset = R. После этого к получаемому диску адресу автоматически прибавляется число R, таким образом старый LBA R будет адресоваться как LBA 0. Начальные сектора диска (от 0 до R-1) при этом будут недоступны. Вторая ОС видит только свою часть диска - для нее это весь диск.

А то, что при этом используются в том числе и команды от HPA - ничего страшного. Там еще и команды чтения используются.