Можно для внесения изменений в схему пойти таким путем -- сохранить ее в текстовом виде а затем переименовать CompInst выводные на планарные, если у них символы в самом деле одинаковые. Перед этим внести в схему вручную один планарный конденсатор, чтобы информация из библиотеки была подключена, по окончании удалить его.
В общем, совет - шире использовать текстовое редактирование. Самому делать ECO из данных ERR и пр.