1. У многих ацп есть зашитные диоды с резисторами уже внутри, не знаю как у этого и насколько их достаточно будет, проверьте сами.
2. Если защиты нет, или мало, то элементарно поставить на входе диодики с резисторами-конденсаторами, которые заодно образуют и фильтр НЧ, что полезно. Только диодики-конденсаторики надо с минимальными утечками дабы не попортить сигнал. (навскидку - SP0502BAHT)
3. Передавать сигнал на такие расстояния наверное лучше уже в дифф виде. Соответственно для приема ставится дифф ОУ. Защищать надо уже его...или не надо :)
Ну и опять фильтр конечно.