При старте вывод порта в третьем состоянии, резистор дает 0. А уже потом на него можно вывести 1. Если там действительно аппаратный CS, который нельзя отключить - тогда резистор последовательно между выходом CS и входом, вывод порта - в параллель со входом CS флешки. Когда надо отключить - выдаем на порт 1, выход CS работает на резистор.