При типичной работе с FAT происхождит следующее.

При записи/стирании одного сектора(кластера) нужно в сектор FAT
(обычно их 2 копии) записать по 2(FAT 16) или 4 байта (FAT32).

Запись собственно данных пропускаю.
Как и копирование(синхронизацию) FAT.

При записи одного файла считывается и кешируется сектор из FAT в него заноситься информация о секторах в которые идет запись. При стирании в FAT заносить информации об освобождении сектора.

Кроме того при записи и стирании идет обращение на запись не только к секторам данных и FAT, при записи файла создается его имя, при стирании в имени меняют один символ.

Очевидно после окончания работы с файлом Windows производит обновление обоих копий FAT.

То есть нужно стереть и записать минимум "2 лишних" сектора на каждый файл в FAT, и один сектор в каталоге.