надо периодически включать таймер для семплирования на 76800 - посемплировать секунды 3 и отключить.

static void __start_sample_timer(void) {
vu32_t w;

    w = SAM256_TMR->SR1;           // clear int
	  // go!  
    SAM256_PMC->PCER = TC1_PH_ID ; // enable tmr1        **********
    SAM256_TMR->IER1 = (1ul << 4); // 	 
    SAM256_TMR->CCR1 = 1	 ; // clk en    
    SAM256_TMR->CCR1 = 4	 ; // clk en + go!
}


static void __stop_sample_timer(void) {
vu32_t w;
        SAM256_TMR->CCR1 = 2         ; // clk dis
        SAM256_PMC->PCDR = TC1_PH_ID ; // disble tmr1
        SAM256_TMR->IDR1 = (1ul << 4); // 	 
    w = SAM256_TMR->SR1;               // clear int
}

и IRQ
__irq void SoftUart_Irq(void) {

	dw = SAM256_TMR->SR1; //clr RC1 cmp int
	//////////
	TOGGLE_PIN()
    .........................
	SAM256_AIC->EOICR = 0;  /* End interrupt */

}

ппосле нескольких пар вызовов проц навечно уходить в IRQ - выходит и обратно в него.

если в __start_sample_timer строчку SAM256_PMC->PCER = TC1_PH_ID
вынести в начало, а в __stop_sample_timer строчку SAM256_PMC->PCDR = TC1_PH_ID в конец, то все нормально.

По видимому в какойто момент срабатывает прерывание, однако потом я таймер через PMC отрубаю и сигнал прерывания уже очистить не могу.

Такая вот засада по невнимательности могет быть...