Не всегда изменяют, иногда _подменяют_ .dll на .exe. Винды не дадут просто так dll переписать. Поэтому дописывают соответствующий файл *.exe В результате загружается не тот файл. Из temp можно смело все удалять, даже нужно. Там всякого хлама со временем набирается. А из system32 надо смотреть, все системные файлы имеют информацию о версии, в отличие от всяких левых.