на вход Capture приходят импульсы с датчика. Нужно в прерывании по Capture к захваченному значению добавить нужную задержку импульса, загрузить результат в регистр Compare, разрешить прерывания по Compare и включить режим установки порта по Compare. Когда произойдет совпадение, порт установится и возникнет прерывание по Compare. В нем нужно к значению регистра Compare добавить нужную длительность импульса, запретить прерывания по Compare и включить режим сброса порта по Compare. В следующих прерываниях по Compare ничего не делать, ждать очередного Capture. При этом и задержка выходного импульса, и его длительность будут заданы таймером аппаратно. А прерывания 8000 раз в минуту - это очень медленно для микроконтроллера.