Что-то с времянками или командами инициализации. В SPI режиме карточка требует пониженной частоты тактирования. Возможно библиотеки "недоделанные". Для чистоты эксперимента попробовать несколько разных карт... Посмотреть, как это сделано у Chan и его последователей - там есть проекты на GCC для STM32.