там есть назначения для всех пинов микросхемы. Вы их не делали? Так Макс постарался.
Подключите одну альтеру, это вполне можно сделать, всего к одному выводу то и законтачится (TDO). А ещё лучше возьмите любую другую плату с альтерой и убедитесь, что при установленном бите защиты он читает чистую микросхему, а не пустой проект. Впрочем, если хочет ара куным, то ара куным найдёт.