Может LPT в материнке подбит, или земля оторвана, или провода кабеля прозвони. Схема из одной микросхемы и десятка резисторов перед глазами. Разберешься ;)
Прошивал эти MAX3000A самодельным ByteBlasterMV тысячами. Даже стенд специально для этого сделали на стареньком ПК. WindowsXP + Quartus-4.2. Для новых ПЛИСок (MAX-II, Cyclon и т.п.) уже USB Blaster юзаем со свежим Квартусом.