выбран 1024 и уже например досчитал до 800. Запускаете второй таймер посчитать задержку, с прескалером тоже 1024 - и первый испульс от прескалера выскочит раньше чем Вы рассчитывали, и вся задержка Ваша, столь тщательно просчитанная, будет чуть короче. Для этого есть процедура сброса прескалера, битв специальные.