Если вы на упрощенке, то вы не можете выставлять счета с НДС. Если ваши потребители - физики, то это по барабану, а вот если ваши потребители - ИП и организации не освобожденные от уплаты НДС, то они фактически будут платить НДС за вас. И это не всегда им выгодно, особенно если они - посредники...
А уж выставленные счета вы оплачиваете вне зависимости от вашей системы налогообложения. Если в счете выделен НДС - то вы выделяете его в платежке, и оплачиваете...