Откуда там аппаратное управление RTS? О_о У вас какая материнка? Какой на ней чип I/O? Посмотрите его даташит. Там простой регистр. Записали лог.1 - RTS сбросили, записали лог.0 - RTS установили. Никаких аппартных таймаутов или какой-либо аппартной связи с TX/RX.