ничего конкретного подсказать не могу
проект делал давно и помню что у меня было два банка по 32мб
так при тестах памяти выходило что первый банк накладывался на второй.
по поводу ММУ, его наличие на прерывания не сказывается.
А прерывания, надо правильно инициализировать сам контроллер.
Лучше смотреть готовые проекты всяких лоадеров, у цируса вроде полно исходников.