По включению питания выставляется режим из первой группы по записи в EEPROM (без оной - UART по умолчанию).
avreal при запуске даёт команду включить битовый режим MPSSE, а при выходе даёт команду "сбросить битовый режим", т.е., как я понимаю, вернуться в заданный из первой группы.
"оба параметра обязательны" - да, описание не успевает за тем, что теперь конфиг ИЗменяет умолчания а не ЗАменяет их.
"инверсия" - ох... "сравнительно скоро".
По cfg уже вопрос возникал.
Сам cfg точно останется, ибо он планируется унифицированным с LPT-вским и расширенным светодиодами и кнопкой (вот тогда и инверсии появятся).
В командную строку это всё, в принципе, влезет, но...
Сейчас в TODO занесено к
-aft2232=config.cfg
добавить
-aft2232,enable=acbus2,reset=acbus3
Но это уже после расширения самого конфига и унификации управления выводами между LPT и FT2232 (и прочими теоретически возможными ногодрыгалками до 32 ног).
Кстати, по enable, power и прочим - посмотрел тут внимательнее и рекомендую использовать adbus[7:5], которые у UART входы.