Данные пишутся блоками скажем по 64 байта, защищаются CRC.
В первых байтах пишется счетчик-ID, который инкрементируется к каждой следующей записи. Размер поля ID должен быть таким, чтобы макс. возможное число этого размера было много меньше макс. количества записей во флеше.

Данные пишутся последовательно, при достижении конца флешки - пишутся с начала. При переполнении счетчика - счетчик обнуляется.

При старте последние данные определяются либо максимальным значением ID, либо, если среди всех значений есть переход счетчика через 0 - максимальным значением ID из нижнего диапазона значений.
Если в последней записи CRC кривой - берутся данные предыдущей записи, и т.п.

Соответственно, самая старая запись - следующая за последней, её и перезаписываем.