выводить какой-то фон, и уже на него фоне видеосигнал итд. Можно высчитывать средний цвет в месте где нужно выводить сигнал (логотип) и уже по нему высчитывать тот цвет сигнала который нужно выводить.
Чтобы не было "лесинки", имхо нужно поднимать частоту или делать сигнал менее резким. К примеру если у вас ПЛИС и тактовая у вас к примеру 100МГц, то такого эффекта у вас точно не будет.