Похоже, что система при инициализации настраивает порты на включенное FIFO. соответственно при загрузке системы и при наличии входящий сообщений по порту (Rs232) - ФИФО содержит принятые ошибочные символы. Я при инициализации ФИФО отключал, и в итоге не мог снять запрос прерывания по ошибке - постоянно висела ошибка по принятого сивола (который на вершине ФИФО). Эта ошибка должна сниматься чтением регистра данных, но так как ФИФО выключено, то ошибочный символ из него не удалялся, в итоге сразу после разрешения прерываний я "сваливался" в обработчик из которого уже никогда не выходил крутясь в цикле сброса ошибки.
Вышел из положения так - разрешаю ФИФО, очищаю его (попутно и ошибки снимаются), потом запрещаю ФИФО и далее работаю штатно.