После того, как искомые импульсы выданы, посчитаны и канал, их выдающий, остановлен, перепрограммирую режим канала, которые считает количество импульсов на работу от мастер клока, делаю несколько тактов, чтобы выход поднялся в 1, и останавливаю счёт. Когда надо выдать пачку - программирую количество импульсов и задаю источник клока - канал, формирующий импульсы.

Таким способом удалось уложиться в 2 канала и третий использовать под свои нужды, но получается, что я могу формировать таким способом только не менее 2 импульсов в пачке, но это терпимо, поскольку одиночный импульс легко формируется традиционным способом без использования дополнительного канала, считающего количество импульсов в пачке.