Эффект от такого срезания такой же, как от ухода АЦП ниже нуля.

Зашитные диоды обычно стоят прямо на входах операционника, но нужно не допускать, чтобы они начали ограничивать. Надо аналоговыми средствами на входе добиваться подавления помех, например ФНЧ на RC ставить.

Рассмотрим редкую помеху в виде узких импульсов положительной полярности большой амплитуды. Учитывая, что помеха наводится либо индуктивно, либо через емкостную связь, то среднее по времени от этой помехи равно нулю и на сигнал она не влияет, а её влияние легко вырезается математикой. А вот если амплитуда помехи зарезана, то интеграл на большом промежутке уже не будет равен 0, а вызовет уползание сигнала вниз (раз мы зарезали положительный выброс).