это измерять длительность программно, позапрещав све прерывания на это время. Вначале померяли один канал, потом другой. Потом ушли заниматься всем остальным. Через разумное время (скажем, 100мсек, или 1сек - смотря как быстро может меняться скважность ШИМ, Вы ведь не назвали его природу) повторяем снова