Если использовать файлы только внутри организации а наружу отдавать PDF то неразрешимых проблем нет. Есть и скрипты и возможность программировать.
Несколько сложнее организовать передачу данных из/в другие программы. Например вставить таблицу Excel в файл AutoCAD так, что данные из этой таблицы нужно передавать программе на LISP проще или по крайней мере привычнее чем стыковать OO и AutoCAD.
Если работать с простыми файлами MS Office приходящими извне то проблем практически нет. Простые файлы можно также передавать наружу без особых проблем.
Если нужно передавать за пределы организации сложные файлы (например с вложенными таблицами или с вертикальным текстом в таблицах) в форматах doc или docx то лучше делать их в MS Office. Иногда для этого можно выделить одного человека или одну машину.
Если есть необходимость работать со сложными файлами то внутри организации должен быть один стандарт. Или doc, или odt. А не так, что каждый работает как ему нравится.